El Reglamento 2016/679 Europeo General de Protección de Datos, regula por primera vez a nivel europeo el derecho fundamental contemplado en el artículo 8 de la Carta Europea de Derechos Fundamentales. El Tribunal Vasco de Cuentas ha tomado diversas medidas para cumplir los requerimientos del Reglamento.
A través de acuerdo del Pleno de 25 de octubre de 2018, se crearon tanto el Registro interno de tratamientos de datos de carácter personal que incorpora los diferentes tratamientos de datos que obran en poder del Tribunal Vasco de Cuentas Públicas, con todos los elementos determinantes de los mismos como la figura del delegado o delegada de protección de datos, figura encargada fundamentalmente de informar y asesorar a la institución en materia de tratamiento de datos, así como de supervisar el cumplimiento de la normativa de protección de datos por parte del responsable de tratamiento. Además, esta figura se encarga de cooperar y actuar como punto de contacto con la Agencia Vasca de Protección de Datos